Com as novas ordenações e a chegada de novos padres vindos da Itália a Congregação vai poder, nesta década, tanto receber novas casas como também se posicionar melhor em relação àquelas recebidas, mas que os Estigmatinos não enxergavam condições ideais para levar adiante.
Assim, no início desta década, por iniciativa do Arcebispo de São Paulo, Dom José Gaspar de Afonseca e Silva, a Congregação Estigmatina recebe a Paróquia de Nossa Senhora do Bom Conselho no Alto da Mooca, bairro paulista, que nada mais era do que uma precária capela.
Em 1941, os Estigmatinos receberam, também, as paróquias de Caconde, Tapiratiba e Santa Cruz das Palmeiras, todas no Estado de São Paulo.
Na área da formação, quatro importantes fatos assinaram a década da Congregação: Abertura do Seminário Teológico provisório no Bairro da Parada Inglesa, em São Paulo;
Casa de Formação para Irmãos Leigos em Casa Branca (SP); Fechamento em São Paulo e inauguração em Ribeirão Preto do Seminário Teológico; Comemoração do jubileu de Prata (1924-1949) da Escola Apostólica de Rio Claro.
Na área do crescimento da Congregação em terras brasileiras, não há dúvida de que o episódio mais marcante da década para a vida dos estigmatinos aconteceu em 1944: a criação da Província de Santa Cruz, em Rio Claro, E, justamente em função do surgimento da Primeira Província Estigmatina Brasileira, em 1946 ocorreu o Primeiro Capítulo Provincial, em Rio Claro.
O Santuário do Desterro, em Casa Branca, sempre foi destaque dentro da Congregação não só pelas atividades da Paróquia, mas também pela Casa de Formação para Irmãos Leigos, e, sobretudo pelo celeiro de vocações religiosas que alimentou os estigmatinos.
Rio Claro recebeu a Primeira Província Brasileira da Congregação com o nome do Colégio Santa Cruz.
Para se chegar a uma sede definitiva do Seminário Teológico em Ribeirão Preto construído com árduo empenho, os Estigmatinos tiveram que trabalhar muito, passando pelas etapas provisórias do Seminário Diocesano, também em Ribeirão Preto, e depois o da Parada Inglesa em São Paulo.