Em 12 de fevereiro de 2001, o Superior Provincial e o Superior Delegado do Chile acompanharam os padres Antonio Luiz Medeiros dos Santos e Fabián Alejandro Martinez Aranda, até o Paraguai. Após estabelecerem um contato com o Bispo Diocesano de San Lorenzo, Dom Adalberto Martinez; firmaram um contrato de cinco anos entre a Província Santa Cruz e a Diocese. Pe. Pedro Zappini foi apresentado como novo pároco da Paróquia Nossa Senhora do Rosário, em Villeta e os dois novos sacerdotes como vigários paroquiais.
O Conselho Provincial constituiu oficialmente os religiosos da Fazenda Sant´Ana como uma comunidade religiosa.
Do dia 16 de setembro até o dia 6 de outubro realizou-se na Fazenda Sant`Ana o grande encontro Interprovincial de Formadores Estigmatinos. O objetivo geral do Encontro foi definido pelo Conselho Geral: A partir da Ratio Formaionis da Congregação, avaliar os diversas etapas Formativas, salientando quais são os elementos formativos característicos que devem ser transmitidos aos novos membros da Congregação.
Em Uberlândia, no dia 12 de novembro, Dom José Moura criou uma nova paróquia e deu a ela, como Padroeiro, São Gaspar Bertoni.
No dia 23 de janeiro de 2002, na Fazenda Sant`Ana aconteceu a abertura solene do Ano Vocacional e a reinauguração da Capela grande, que passou por reforma, inclusive nas pinturas internas.
No dia 22 de fevereiro a Congregação estendeu oficialmente sua presença na Bahia, assumindo na cidade de Ilhéus a Paróquia Sagrado Coração de Jesus, no Bairro de Iguape.
Por ocasião da Semana Ir. Roberto Giovanni que foi celebrada de 9 a 16 de março, em Casa Branca (SP), foi lançado o livro escrito sobre a pessoa do Irmão, intitulado “Uma obra inacabada” de autoria do médico Dr. Sérgio Ozaki.
No dia 12 de março, na Paróquia e Santuário Nossa Senhora do Desterro, em Casa Branca, foi entregue ao Bispo Diocesano, um abaixo assinado com milhares de assinaturas, pedindo o início de abertura do processo de beatificação do Ir. Roberto Giovanni.
De 1 a 6 de maio de 2002, realizou-se na Fazenda Sant`Ana o 18º Capítulo provincial da província Santa Cruz. Foi o novo governo: Pe. Valmir Cassim da Silva foi reeleito para mais um mandato como provincial, tendo como Conselheiros os padres: José Luiz Nemes, Mário José Filho, José Odail Pertile e Joaquim Alberto Rodrigues.
No dia 12 de junho de 2003, na Fazenda Sant`Ana, Corumbataí (SP), numa grandiosa festa, as Províncias Santa Cruz e São Jose celebraram o dia do Santo Fundador e, na mesma ocasião foi encerrado o Ano Bertoniano.
Desde o dia 21 de abril de 2004, oficialmente o antigo Colégio Santa Cruz, em Rio Claro, está sendo a sede da Nova Cúria Provincial. Pe. Valmir Cassim da Silva e o Promotor Vocacional, Pe. Emerson Correr, ajudados pelos estudantes de filosofia da Chácara do Vovô, mudaram-se definitivamente para Rio Claro com todos os seus pertences pessoais e com todo o material que compõe a Cúria Provincial e o Secretariado Vocacional.
No dia 7 de junho partem para Roma e, depois, para Verona, para participarem do Congresso internacional sobre a Vida Consagrada Estigmatina, sete confrades. Eles serão nossos representantes nesse importante evento de nossa família religiosa.
No dia 19 de maio de 2004, Sua Santidade o Papa João Paulo II nomeou para a Arquidiocese de Curitiba (PR), Dom Moacyr José Vitti, até então Bispo Diocesano de Piracicaba (SP).
Em primeiro de março de 2005 comemoraram-se os 10 anos dos Estigmatinos no Paraguai. Para celebrar o evento foi publicado um livro intitulado “Historia de los Estigmatinos em Paraguay – 10 años de presencia”. O livro é de autoria de Pe. Antônio Luiz Medeiros dos Santos.
Em 17 de junho foram celebrados os 25 anos dos Estigmatinos no Chile, na Paróquia Divino Redentor, em Santiago, com presença das comunidades de Lolol, El Belloto, Hijuelas e Santiago.
Em 22 de novembro de 2005 faleceu em Campinas o Bispo Dom Hélio Paschoal.
De 1 a 14 de fevereiro de 2006 realizou-se em Brasília o 25º Capítulo Geral com a participação de representantes de todas as Províncias Estigmatinas. Neste capítulo, foi reeleito para o cargo de Superior Geral o Pe. Andréa Meschi e, para o cargo de seus conselheiros: Pe. José de Souza Primo, da Província Santa Cruz; o Pe. Bruno Facciotti, da Província Santa Maria da Esperança; e o Pe. Winai Plienburnrung, da Província Maria Estrela da Manhã.
A partir de primeiro de abril, a Província de Santa Cruz conta, jurídica e oficialmente, com mais uma comunidade religiosa e, consequentemente com um novo campo de missão apostólica que compromete a todos os estigmatinos. Depois de nos ausentarmos por alguns anos da cidade de Livramento, a ela retornamos, com a fundação de uma nova comunidade religiosa e assumindo uma nova Paróquia, recentemente criada pelo saudoso Dom Hélio Paschoal. Rogamos a Deus que abençoe largamente os padres Benedito Pereira dos Santos e Ednaldo Almeida da Silva que se encontram residindo já na nova paróquia.
Em 27 de março, o Pe. João Carlos Seneme retorna ao Brasil, após cumprir seis anos de mandato na Cúria Geral, em Roma.
Foi realizado no período de 6 a 12 de maio de 2006, na Fazenda Santana, a segunda fase do Capítulo Provincial, na qual foram eleitos: Pe. João Carlos Seneme, Provincial; e conselheiros: Pe. José Luiz Nemes, Pe. Mário José Filho, Pe. Aparecido Neres Santana e Pe. Gildásio do Espírito Santo Lima Tanajura.
No dia 12 de junho Pe. José de Souza Primo recebe o título de cidadão ribeirão-pretano. No dia 20 viaja para Roma, sua nova casa, a fim de integrar-se aos conselheiros eleitos para o sexênio 2006-2012.
Rodovia Pe. Gino Righetti. É o nome de uma rodovia vicinal, inaugurada no dia 26 de agosto de 2006, ligando Itobi a Vargem Grande, ambas no Estado de São Paulo. A homenagem se deve aos relevantes serviços que Pe. Gino prestou à paróquia de Itobi, durante o seu ministério presbiteral na cidade.
Nos dias 6, 7 e 8 de outubro, na Fazenda Sant`Ana foi realizado o retiro anual da Faber conduzido por seu diretor espiritual, Pe. Jordélio Siles Ledo.
Em 2007, novo bispo estigmatino: Dom João Carlos Seneme é ordenado ao serviço episcopal e indicado para Curitiba (PR).
No dia 10 de janeiro de 2008 faleceu Pe. Mário Zuchetto. Ele tinha 90 anos de idade, 70 de vida religiosa, 65 de vida sacerdotal e, sem dúvida foi um dos maiores conhecedores e entusiastas de São Gaspar Bertoni.
O Pe. Aparecido Neres Santana assume como Provincial com a saída de Dom João Carlos Seneme.
Entre os dias 21 e 24 de outubro de 2008 foi realizado na Fazenda Santana, em Corumbataí (SP) o Encontro Interprovincial de Pastoral, ministrado pelo Superior Geral, Pe. Andréa Meschi.
Outro evento foi realizado nos dias 7, 8 e 9 de novembro de 2008, na Fazenda Santana, o décimo Encontro da Faber da Província Santa Cruz. O encontro teve como tema “São Gaspar e a Catequese”. Também foi realizada a avaliação da caminhada da Faber nas comunidades e organizadas as atividades para o ano de 2009. Houve a participação de 44 leigos estigmatinos. O encontro foi conduzido pelo Pe. Jordélio, ajudado pelo professo Luciano Romero.
Em 2009, os Estigmatinos tomam posse de mais duas novas comunidades: Várzea Grande (MT) e Pirapora (MG).
De 4 a 7 de setembro, no Centro Comunitário Pe. Bernardo, em Luziânia (GO), realizou-se o Encontro Interprovincial de Estudantes, o Encontro de Leigos Estigmatinos e um grandioso Festival de Música Estigmatina.
De 14 a 20 de setembro de 2009, realizou-se na Cúria Provincial em Rio Claro, o Encontro do Conselho dos Superiores. Na primeira parte, cada Província apresentou o relatório das atividades do ano anterior. Na segunda, houve debate sobre a Formação Permanente com base em texto preparado precedentemente por Pe. Bruno Facciotti.
No dia 4 de novembro de 2009, na Matriz da Paróquia Santa Cruz, em Rio Claro foi inaugurado e aberto ao público o Altar do Centenário, iniciando as comemorações dos cem anos da chegada dos Estigmatinos ao Brasil.
De 28 de novembro a 2 de dezembro de 2009. as províncias Santa Cruz e São José realizaram, em Tibagi, um período de Missões Populares para marcar o início das festividades do Ano do Centenário da Presença Estigmatina no Brasil. Foi celebrada uma Missa Solene de Abertura.
Em 16 de março de 2010, no Santuário Nossa Senhora do Desterro, em Casa Branca, deu-se a Abertura solene e oficial do processo de Beatificação e Canonização do estigmatino e Servo de Deus, Irmão Roberto Giovanni (1903-1994).